결론적으로 말하면 둘 다 객실 승무원을 양성하는 학과입니다.

학교마다 학과를 지칭하는 단어가 다를 뿐입니다.

단 항공운항과와 항공서비스학과가 같이 있는 경우는항공운항은 조종사(파일럿)를 목표로하는 학과로 생각하시면 됩니다.

내신으로 보면, 조종사를 목표로 하는 학과가 더 높고, 신체검사도 있음을 알 수 있습니다.
자세한 내용은 각 학교마다 있는 모집요강을 참고하시면 됩니다.